口袋妖怪火红版中共包含18种可捕捉的神兽，分布在不同岛屿和特殊场景中。三大经典神兽火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟的位置最为明确：火焰鸟位于1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，急冻鸟则需要前往双子岛推石头堵住瀑布才能见到。超梦作为游戏中最强的神兽之一，隐藏在华蓝洞窟最底层，捕捉前需确保队伍中有会冲浪和攀瀑技能的宝可梦。这些神兽的捕捉都需要特定条件触发，部分还需完成主线剧情后才能解锁。
梦幻的获取方式较为特殊，需在红莲岛建筑物内取得秘密钥匙的楼层随机遇到。路基亚出现在3号岛右侧捕捉土龙的草丛中，凤凰则位于1号岛下方草丛。三神柱中的岩神柱在岛1上方草地，冰神柱在双子岛，钢神柱需前往无人发电站。水都兄妹中的红水督和蓝水督均在岛7下方海域，使用冲浪技能即可遭遇。海皇牙需在双子岛垂钓获得，古拉顿隐藏在1号岛火焰山地下，天空之龙栖居在冠军之路第二层。
部分神兽的捕捉与初始选择相关：若初始选择小火龙，击败四大天王后会在关东地区草丛随机遇到Lv50的水君；选择妙蛙种子则可能遭遇炎帝。迪奥西斯的获取需要完成第九座彩虹岛的拼图任务，出现Lv30的个体。洛奇亚位于第八座彩虹岛右下方，等级高达Lv70。超梦的捕捉建议携带恶系宝可梦进行克制，凤凰作为火系+飞行系组合，使用水系技能能有效削弱其战斗力。
游戏后期在七之岛区域还藏有更多稀有神兽。完成特定任务后，在四岛右上角山洞穿过水路可找到科拿，与之合作击败火箭队能解锁五岛仓库的密码。六岛草原可能偶遇达克莱伊，使用喷雾剂可减少野生宝可梦干扰。七岛火箭队基地深处藏有需要特殊密码的仓库，其中关押着被捕获的传说宝可梦。所有神兽的捕捉都建议准备充足的高级球和状态异常技能，部分高等级个体需要使用大师球确保成功率。
神兽的分布与版本设定严格对应，不存在随机刷新机制。每只神兽都有固定出现位置和等级，部分需要完成拼图、推石或潜水等解谜要素。捕捉前建议存档以避免失败，部分战斗如超梦洞穴的挑战不可重复。游戏神兽的基础捕获率普遍低于常规宝可梦，合理运用睡眠、麻痹等状态异常能显著提升捕捉概率。完整收集所有神兽可解锁特殊剧情，但不会影响主线通关进度。
