捕获传说中的宝可梦是一项充满挑战的任务，需要玩家进行充分的准备和策略规划。这些神兽通常隐藏在游戏世界的偏远角落，许多都需要完成特定的剧情任务或解谜才能访问。玩家必须确保队伍配置合理，携带能够克制目标神兽属性的精灵，以应对高强度的战斗。背包中需储备足够的精灵球和回复道具，以维持长时间的对战。
不同神兽的捕获地点各不相同，例如急冻鸟位于双子岛深处，需要玩家使用冲浪技能并按照特定顺序推石头来解谜；闪电鸟藏匿在无人发电厂；而火焰鸟则在火焰山山顶出现。超梦的捕获更需完成七岛任务链，解锁遭遇条件。这些前置要求增加了捕获的复杂性，玩家需先掌握必要的秘传技能如冲浪和怪力，才能到达这些地点。
降低神兽的状态是提高捕捉率的关键。玩家需要将神兽的HP削减至红色危险区域，但避免使用会造成持续伤害的异常状态毒或烧伤。优先使用催眠或麻痹技能，因为这些状态能显著提升捕捉成功率。携带掌握刀背打技能的精灵可以精准控制HP至1点而不致死。道具方面，高级球和时间球是首选，时间球在战斗回合数超过30后捕捉率会大幅提升。
部分神兽如三圣兽会根据玩家初始选择的御三家种类随机出现在关东地区的草丛中，但它们会使用吼叫技能强制逃跑，因此玩家必须使用黑暗眼神技能来封锁其退路。这种动态增加了捕获的不确定性，要求玩家在遭遇时迅速反应。大师球建议保留给像超梦这样无法重复捕获的传说精灵，以确保万无一失。
