指挥舰队首先要深刻理解指挥值系统的双重限制。它分为港口指挥值和舰队指挥值两部分，港口指挥值由军事港口区的等级决定，构成了你能建造舰船总量的天花板，升级港口尤其是突破5级、8级、10级等关键等级时，会有显著的跃升。而舰队指挥值则决定了你单支出征舰队能容纳的舰船空间，基础为300点，通过升级基地中枢最高可提升至400点。这意味着你需要根据这两个上限来规划整体舰船生产和单次战斗编组，优先升级军事港口区和基地中枢是释放舰队潜力的基础，避免拥有高级蓝图却因指挥值不足无法建造或编组的尴尬。
舰船的定位与阵型搭配至关重要。舰船默认分为前排、中排和后排，战斗中敌方会优先攻击前排单位，因此你必须将高护甲、高耐久度的舰船置于前排承担伤害，例如奇美拉级巡洋舰就是优秀的前排选择。中排和后排则应部署火力输出或具有特殊功能的舰船。切记不要将脆弱的输出型舰船单独放在前排。需要注意不同武器的特性，例如实弹武器伤害会受到敌方护甲抵消，而能量武器则能造成更稳定的伤害。编组时务必考虑敌方配置，如果对方航空力量强大，就需要编入光锥级或枪骑兵区域防空型等专职防空舰船。
舰队的机动性与增援策略是战术执行的关键。整支舰队的移动速度取决于编队内最慢的那艘船，因此将高速与低速舰船混编会严重影响机动性，在组织多舰队围剿或快速响应时尤其要注意。对于战列巡洋舰、航空母舰等高指挥值占用且通常速度较慢的巨舰，通常不建议直接编入主力舰队，而是利用增援功能让其后续加入战场，这可以避免它们拖慢舰队整体行动节奏。但舰队在曲率航行状态下如果接受增援，会转变为普通航行。利用好增援和计划圈机制，你可以让高速侦察舰先行抵达目标区域建立计划圈，主力舰队再以曲率速度快速抵达，能极大提升调度效率。
掌握进阶战术指令的运用能显著提升你的战场控制力。封锁指令可以使舰队在指定区域自动攻击途经的所有敌方目标，非常适合用于控制资源区或压制敌方活动。集结指令能让你与盟友的舰队统一行动。而像维修、后勤支援等功能，则需要通过特定的支援型舰船（俗称奶船）来实现，它们能为舰队提供持续作战能力，但在游戏后期，其维修量可能跟不上高强度战斗的损伤，因此需要权衡其在舰队中的价值。舰船的维修通常在基地船坞自动进行，受损严重时也可以选择让舰队返回基地，但要注意航线可能暴露基地位置。
